Wuchshöhe 15-40 cm.
Die Laubblätter sind länglich lanzettlich geformt und aufrecht in einer Rosette angeordnet. Diese erscheint bereits im Herbst.
Der lang gestreckte, lockere Blütenstand kann bis zu 20 Blüten aufweisen.
Die konkaven Sepalen sind grün, manchmal am Rand leicht braunrot angehaucht. Die Petalen sind stets fadenförmig, mindestens halb so lang wie die Sepalen, sehr kurz behaart und gefärbt wie die Blütenlippen. Diese ist ungehöckert, tief dreilappig und braun mit violetten Komponenten gefärbt.
Der Mittellappen ist zweigeteilt und besitzt kein Anhängsel in der verhältnismäßig tiefen Ausbuchtung. Die Seitenlappen stehen gespreizt ab und sind in der Regel länger als breit.
Das graublaue glänzende Mal ist in der Grundform rechteckig und ist mit dem etwas hervor gewölbten Basalfeld meist nicht verbunden.
Der Konnektivfortsatz der Säule ist immer stumpf.
Sie besiedelt lichte Kiefer- und Wacholderwälder, trockene bis wechselfeuchte Magerwiesen und steht gern sonnig bis halbschattig.
Die Fliegen-Ragwurz ist die am nördlichsten verbreitete ihrer Gattung. Im Mittelmeerraum kommt sie nur in höheren Lagen vor. In Mitteleuropa ist sie noch die am häufigsten anzutreffende Art ihrer Gattung, fehlt jedoch über weite Strecken, da sie an Kalk gebunden ist. Ihre Bestände sind durch Biotopverlust infolge Bebauung, Brache und intensive landwirtschaftliche Nutzung stark rückläufig, so dass sie als gefährdete Art eingestuft werden muss.
Die Blütezeit ist von Ende April bis Ende Juli.
Sie kann in den Alpen bis zu 2000 m aufsteigen.