Wuchshöhe 8- 25 cm.
Der relativ kräftige, hohle Stängel ist hell- bis gelblichgrün. Die ungefleckten, matten Laubblätter häufen sich etwas am Grund, sind sonst aber stängelbegleitend, abstehend bis schräg aufwärts gerichtet und lanzettlich geformt.
Die Tragblätter sind länger als die Blüten, lanzettlich geformt und teilweise leicht braunrot überlaufen.
Der leicht nach Holunder duftende Blütenstand ist eiförmig kurz und relativ dichtblütig.
Die Blüten sind entweder rot oder gelb gefärbt, wobei in beiden Varianten die jeweils andere Farbe auch vorkommt. So besitzen die roten Blüten eine gelbe Lippenbasis und Sporneingang, die gelbgefärbten eine rote Lippenzeichnung.
Die seitlichen Sepalen sind zurückgeschlagen bis aufwärts gerichtet, das mittlere bildet mit den kleineren Petalen einen Helm. Die Lippe ist breiter als lang, entweder ganzrandig oder schwach dreiteilig mit gezähntem Rand.
Der Sporn ist auffallend dick und erheblich länger als der Fruchtknoten und schräg abwärts gerichtet. Das Holunderknabenkraut ist sehr selten anzutreffen und die wenigen Standorte in Deutschland sind durch Verbuschung und drohende landwirtschaftlich intensivere Nutzung stark gefährdet.
Es ist auf sauren bis maximal leicht basischen Böden, auf Kalk nur an oberflächlich versauerten Stellen anzutreffen. Im deutschen Alpenraum tritt es durch den kalkreichen Boden gar nicht auf, in den angrenzenden Alpenländern dafür etwas öfter.
Als Biotope kommen trockene bis mäßig feuchte Mager- oder Bergwiesen, Waldränder und selten lichte Stellen im Mischwald.
Blütezeit ist je nach Höhenlage (bis 2200 m aufsteigend) von Anfang April bis Mitte Juni.
Bemerkenswert ist, wie ich finde, dass die rote Farbvariante etwas früher als die gelbe mit der Blüte beginnt, so dass, wenn die gelben Pflanzen in Hochblüte sich befinden, die roten schon beinah verblüht sind. Dies konnten wir in Niederbayern beobachten, wo beide Farbvarianten im Biotop vorkommen.