Wuchshöhe 20- 60 cm.
Der Stängel ist gelblichgrün, nach oben öfter violett überlaufen und hohl.
Die grünen, ungefleckten Laubblätter sind linealisch bis lanzettlich, rinnig gefaltet , unten grundständig und dicht gedrängt angeordnet, die oberen stängelbegleitend mit tragblattartiger Form.
Der Blütenstand ist dicht, reichblütig, zylindrisch geformt.
Die hellgrünen, manchmal rötlich überlaufenen Tragblätter (Brakteen) sind in etwa so lang wie der Fruchtknoten und oval- lanzettlich geformt.
Die seitlichen Sepalen der von dunkelrosa bis reinweiß variierenden Blüten stehen horizontal ab, das mittlere bildet mit den etwas kleineren Petalen einen Helm. Die ungezeichnete, breite Lippe ist dreilappig, wobei die seitlichen Lappen etwas kürzer als der Mittellappen sind.
Als wichtiges Unterscheidungsmerkmal zu ihrer Artgenossin, der Wohlriechenden Händelwurz,
gilt der dünne abwärts gebogene Sporn, der ungefähr doppelt so lang ist wie der Fruchtknoten.
Die in vielen Gebieten, mit Ausnahme der norddeutschen Niederungen, noch gut verbreitete Mückenhändelwurz ist in ihren Standortansprüchen relativ bescheiden. Sie bevorzugt zwar Kalk, kommt aber auch auf leicht saurem Untergrund in den unterschiedlichsten Biotopen vor.
Blütezeit ist von Mitte Mai bis Ende Juli, in höheren Gebirgslagen bis Anfang August.